PCR dan Elektroforesis

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah sebuah teknik laboratorium yang digunakan untuk memproduksi ribuan hingga triliunan salinan dari segmen DNA tertentu. Teknik ini sangat penting dalam biologi molekuler karena memungkinkan peneliti untuk memperbesar jumlah DNA yang cukup besar untuk analisis lebih lanjut.

Pada kegiatan ini, metode yang digunakan adalah MyTaq Red Mix. MyTaQ Red Mix adalah sebuah produk yang dirancang untuk digunakan dalam Polymerase Chain Reaction (PCR) yang menawarkan kinerja yang kuat, sensitif, dan fleksibel.

Adapun komponen utama yang perlu diperhatikan dari proses PCR adalah sebagai berikut:

• Template DNA: Segmen DNA yang ingin disalin/diperbanyak.
• Enzim DNA Polymerase: Enzim seperti Taq polymerase yang stabil terhadap suhu tinggi dan tidak rusak selama siklus temperatur tinggi.
• Primer: Oligonukleotida singgal struktur yang komlementer terhadap kedua ujung rantai sens dan antisens DNA.
• Nukleotida Trifosfat Deoksiribo (dNTP): Satu satunya unit dasar basis yang digunakan untuk sintesis rantai baru DNA.
• System Buffer: Ion magnesium dan potasium yang menyediakan kondisi optimum untuk denaturasi dan renaturasi DNA serta stabilitas enzim.

Semua komponen dicampurkan dengan metode pipetting sehingga menjadi PCR product. Selanjutnya PCR product diletakkan di thermal cycler untuk memulai proses amplifikasi DNA. Pada proses ini, DNA yang masih double strand dipanaskan hingga suhu tertentu agar terpisah menjadi DNA single strand (denaturation). Kemudian suhu diturunkan hingga suhu tertentu agar primer dapat menempel dengan DNA yang telah menjadi single strand (annealing). Kemudian suhu dinaikkan lagi pada suhu tertentu agar DNA polymerase dapat bekerja dalam proses pemanjangan primer yang membentuk fragmen DNA (extention).

Setelah dilakukan PCR, tahap selanjutnya yang perlu dilakukan adalah elektroforesis. Elektroforesis adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk memisahkan dan menganalisis biomolekul, seperti DNA, RNA, dan protein, berdasarkan ukuran dan muatan listriknya.

Dalam elektroforesis dibutuhkan yang namanya gel agarosa yang berfungsi sebagai wadah tempat sampel ditempatkan. Gel ini dibuat menggunakan bubuk agarosa yang dicampur dengan SB buffer yang sudah diukur takarannya menggunakan timbangan digital lalu dipanaskan dengan microwave hingga tercampur merata dan dituangkan ke cetakan khusus. Setelah gel mengering, gel dimasukkan ke tangki elektroforesis yang berisi SB buffer.

Sampel yang sudah berada di wadah gel akan dirunning di dalam tangki yang memiliki kutub negatif dan mengalir ke kutub positif menggunakan tegangan listrik dan dilakukan selama waktu yang telah ditentukan. Hasil elektroforesis akan dilihat menggunakan UV dengan memindahkan gel yang sudah dirunning ke dalam blue light untuk dianalisis. Sampel yang terdapat DNA (positif) akan terlihat seperti pita.